El proyecto Más Savia para el área de Ciencias de la Naturaleza utiliza diferentes herramientas y metodologías para motivar en el aprendizaje de las ciencias, facilitar su comprensión y comprobar su aplicación. Para ello, los contenidos en cada epígrafe se organizan en tres fases de aprendizaje: Nos activamos, Comprendemos y Aplicamos, en las que se intercalan actividades que promueven el aprendizaje cooperativo. Muchos Nos activamos y Aplicamos se proponen en forma de Talleres experimentales. Esta filosofía general del proyecto de promover un aprendizaje activo se concreta en una Tarea final trimestral que bajo el título Mejora tu... integra conocimientos, habilidades, competencias e inteligencias múltiples. Para facilitar la accesibilidad de los contenidos, el proyecto Más Savia de Ciencias de la Naturaleza cuida especialmente la redacción y el vocabulario utilizado. La comprensión y el aprendizaje de los contenidos se refuerza con un programa concreto de Comprensión lectora. Para progresar e ir superando barreras, las actividades se secuencian por orden de dificultad y algunas cuentan con apoyos y desarrollos complementarios en el recurso didáctico.